Criada em 1981 sob o estandarte da proteção do lince ibérico, espécie endémica da Península Ibérica de tamanho inferior aos linces eurasiáticos com um tufo de pelos negros, em formato de pincel, no topo das orelhas triangulares, a Serra é também o habitat seguro da raposa, do gato-bravo, do javali, da lontra, da corça, da cegonha-preta, da águia-caçadeira, do açor, da pega-azul ou do rouxinol-do-mato.
A Reserva Natural apresenta ainda um habitat rico em passeriformes e de elevado interesse para aves de rapina nidificantes, com a presença do falcão abelheiro, da águia-calçada, da águia-cobreira e do milhafre-real.
A paisagem da Serra da Malcata é marcada pelo solo de natureza xistosa e pela influência do Rio Côa e de pequenas linhas de água, onde se erguem bosques ripícolas com espécies como o amieiro (Alnus glutinosa), o freixo (Fraxinus angustifolia) e o salgueiro (Salix sp.). Na zona norte encontra-se uma extensa mata de carvalhal (Quercus pyrenaica) e a sul, zona mais explorada e erodida, existem grandes plantações de resinosas.
A Serra da Malcata possui potencialidades para a prática de turismo de natureza, nomeadamente, para a realização de passeios pedestres, equestres e BTT e para observação de aves. No entanto, o Regulamento do Plano de Ordenamento da Reserva Natural da Serra da Malcata determina um conjunto de regras e restrições que condicionam a prática do turismo de natureza.